Rozwiązaniem tego konfliktu jest zaprogramowanie bootloadera z wykorzystaniem środowiska firmy Atmel. Postępowanie jest identyczne zarówno w przypadku wykorzystywania starszego środowiska (AVR Studio), jak i w nowszej odmiany, czyli Atmel Studio. W dalszej części jest opisany krok po kroku sposób zaprogramowania mikrokontrolera ATmega328 na płytce Arduino Uno bootloaderem z wykorzystaniem programatora AVRISP mkII oraz środowiska Atmel Studio 6 (oczywiście zakładamy, że w komputerze już jest prawidłowo zainstalowane Atmel Studio wraz ze sterownikami dostarczanymi z tym oprogramowaniem).

1. Do płytki Arduino Uno należy dołączyć zasilanie, np. dołączając ją kablem USB do komputera.
2. Programator AVRISP mkII należy dołączyć do komputera kablem USB.
3. Programator AVRISP mkII należy dołączyć do płytki Arduino Uno. 

   

   Rys. 5. Sposób dołączenia programatora AVRISP mkII do Arduino Uno

    

4. W Atmel Studio należy wybrać Tools i następnie Device Programming.
5. W polu Tool należy wybrać typ programatora (AVRISP mkII), w polu Device należy wybrać typ programowanego mikrokontrolera (ATmega328P), w polu Interface należy wybrać sposób programowania układu (ISP) i następnie należy kliknąć na przycisk Apply (rysunek 6). 

   

   Rys. 6. Ustawienia dotyczące wykorzystywanego programatora

    

6. Po wybraniu w lewej kolumnie zakładki Memories należy wskazać plik do zaprogramowania znajdujący się w katalogu:

   ...\arduino-1.0.5\hardware\arduino\bootloaders\optiboot\optiboot_atmega328.hex
   

   i nacisnąć przycisk Program .

   

   Rys. 7. Wybór pliku z programem bootloadera

    

7. Po zaprogramowaniu pamięci Flash mikrokontrolera należy w lewej kolumnie wybrać zakładkę Fuses i w polu Fuse Register wpisać dla odpowiednich rejestrów wartości:EXTENDED: 0x05

   HIGH: 0xDE

   LOW: 0xFF

   Następnie należy nacisnąć przycisk Program .

    

   

   Rys. 8. Ustawienie bitów konfiguracyjnych mikrokontrolera

    

Po tych czynnościach można korzystać z możliwości programowania mikrokontrolera z poziomu środowiska Arduino IDE z wykorzystaniem bootloadera.